第一届， 1999年10月5日-10日 ，主题（亮点）：中国高新技术产业发展的一个里程碑，出席的中央领导：中共中央政治局常委、国务院总理朱镕基。
在首届高交会开幕式上，时任国务院总理的朱镕基亲自出席并宣布“为了促进中国与世界各国的经济技术合作，中国政府决定每年在深圳举办中国国际高新技术成果交易会”。
第二届， 2000年10月12日-17日 ，主题（亮点）： 扩大规模，积极探索 ， 出席的中央领导：中共中央政治局委员、 国务院副总理吴邦国。
第二届高交会于2000年10月11日－17日在扩建后的高交会展览中心举行。时任国务院副总理吴邦国出席了开幕式并致词。第二届高交会的内容由高新技术成果展示与交易、高新技术专业产品展、高新技术论坛三大部分构成。专业产品展新增了“生物技术专业产品展”和“新材料专业产品展”两个专业展。
第三届， 2001年10月12日-17日， 主题（亮点）：组织实力更强，专业主题更突出 ，出席的中央领导：中共中央政治局候补委员、国务委员吴仪 。
2001年10月12日至17日，第三届高交会在高交会展览中心和深圳市市民中心举行。时任国务委员吴仪出席了开幕式并致词。第三届高交会的内容由高新技术成果交易、高新技术专业产品展示与交易、高新技术论坛三大部分构成。
第四届， 2002年10月12日-17日 ， 主题（亮点）：国际证券交易机构首次大规模在中国聚会， 出席的中央领导：中共中央政治局委员、广东省委书记李长春 ，全国人大常委会副委员长周光召。
2002年10月12日至17日，第四届高交会在高交会展览中心和深圳市市民中心举行。时任全国人大常委会副委员长周光召出席了开幕式并致词。第四届高交会依然由高新技术成果交易、高新技术专业产品展示与交易、高新技术论坛三大部分内容构成。
第五届， 2003年10月12日-17日 ， 主题（亮点）：着力营造更加安全舒适的展会环境， 出席的中央领导：中共中央政治局委员、国务院副总理吴仪 。
2003年10月12日至17日，第五届高交会在高交会展览中心举行。时任国务院副总理吴仪出席了开幕式并致词。第五届高交会主要内容包括“高新技术成果交易”、“高新技术专业产品展”、“中国高新技术论坛”、“super-SUPE系列活动”及“不落幕的交易会”五大部份。
第六届， 2004年10月12日-17日， 主题（亮点）：“国际化”程度越来越高， 出席的中央领导：中共中央政治局委员、国务院副总理吴仪 。
第六届高交会在高交会的发展史上具有里程碑意义，使高交会实现了由初创到成熟的跨越。在仍使用高交会展览中心的同时，第六届高交会主场成功移师新建的深圳会展中心，展览总面积比上届增加了近3倍，达到135500平方米，为历届规模最大。
第七届， 2005年10月12日-17日 ， 主题（亮点）： 自主创新， 出席的中央领导：中共中央政治局委员、国务院副总理曾培炎 。
第七届届高交会是一次盛况空前、国际化和自主创新色彩浓厚的高科技盛会。来自世界各地的104个代表团、3464家参展商和1896家投资商参加了展示、交易和洽谈。国外23个国家和国际组织、中国内地所有的36个省、自治区、直辖市、计划单列市和26所高校以及港澳台地区组团参展参会，国内外65家知名跨国公司参加了展示与交易，专业展海外展区面积所占比例达38%。
